Il turno di ballottaggio si è svolto domenica 21 giugno 2009, dalle ore 8 alle ore 22 e lunedì 22 giugno, dalle ore 7 alle ore 15, mentre le operazioni di scrutinio hanno avuto inizio nella stessa giornata di lunedì, al termine delle votazioni e dell’accertamento del numero dei votanti.
Presidente: Guido Podestà
Percentuale ottenuta: 50,2
Voti: 540.856
Coalizione: IL POPOLO DELLA LIBERTA' - LEGA NORD - PENSIONI E LAVORO - LIBERTAS DEMOCRAZIA CRISTIANA - NUOVO PSI
Filippo Penati
Percentuale ottenuta: 49,8
Voti: 536.230
Coalizione: PARTITO DEMOCRATICO - DI PIETRO ITALIA DEI VALORI - LISTA LOCALE LISTA PENATI PRESIDENTE - FED.DEI VERDI - SINISTRA PER LA PROVINCIA DI MILANO
Fonte: Prefettura di Milano