Il turno di ballottaggio si è svolto sabato 26 giugno 2004, sempre dalle ore 15 alle ore 22, e domenica 27 giugno, dalle ore 7 alle ore 22, mentre le operazioni di scrutinio hanno avuto inizio nella stessa giornata di domenica, al termine delle votazioni e dell’accertamento del numero dei votanti.
Presidente: Filippo Luigi Penati
Percentuale ottenuta: 54,0
Voti: 870.653
Coalizione: SDI - DS - Repubblicani Europei - Fed. dei Verdi - Partito della Rifondazione Comunista - Comunisti Italiani - DL. La Margherita - A.P. UDEUR - Di Pietro Occhetto - La Lista - A.P.E.
Ombretta Colli
Percentuale ottenuta: 46,0
Voti: 741.721
Coalizione: FI - AN - UDC - PRI I Liberal Sgarbi - Verdi verdi - Milano città - Lega Nord (lista apparentata per il 2° turno)
Fonte: Corte d'Appello di Milano