Il turno di ballottaggio si è svolto sabato 26 giugno 2004, sempre dalle ore 15 alle ore 22, e domenica 27 giugno, dalle ore 7 alle ore 22, mentre le operazioni di scrutinio hanno avuto inizio nella stessa giornata di domenica, al termine delle votazioni e dell’accertamento del numero dei votanti.
Ombretta Colli
Percentuale ottenuta: 50,3%
Voti: 573.135
Coalizione: FI - Patto Segni - AN - CCD - Liberal Sgarbi - CDU (lista apparentata per il 2° turno)
Livio Tamberi
Percentuale ottenuta: 49,7%
Voti: 565.216
Coalizione: SDI - DS - PRI - I Democratici - Verdi - Rifondazione Comunista - PPI - Rinnovamento Italiano